本发明涉及一种基于自适应EKF算法的小型无人机MARG航姿估计方法，属于组合导航技术领域。本发明中，首先，将磁力计和加速度计量测更新分开进行，增加了磁力计误差评估，在磁力计误差较大时，能够隔离磁力计误差，避免对水平姿态估计产生干扰。其次，本发明还提出了针对外部加速度的自适应滤波算法，为了提高估计精度，不直接判断三轴加速度模值，而是对三轴的残差进行分析，再对相应的量测噪声进行自适应调整，避免损失有用的加速度信息，提高姿态估计精度。