本发明公开了3个特异追踪拟斯卑尔脱山羊草6SS染色体的分子标记（6SS‑1~6SS‑3）及其用法，它涉及分子生物学和遗传育种科学技术领域。其中6SS‑1标记引物的序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，6SS‑2标记引物的序列为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4，6SS‑3标记引物的序列为SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6。这些分子标记不仅能追踪来源于拟斯卑尔脱山羊草的Pm12基因，也能追踪来源于簇毛麦的Pm21基因，在聚合育种材料中可同时区分并追踪Pm12基因和Pm21基因，在辅助选择育种及两个基因的聚合育种中具有重要的实用价值。