本申请实施例公开了一种化合物性质预测方法、装置、计算机设备及可读存储介质，涉及人工智能的计算机视觉技术；具体地可以获取目标化合物的化学结构信息，该化学结构信息包括原子和化学键；根据化学结构信息生成与化学结构信息对应的化学结构图，化学结构图包括原子对应的节点以及化学键对应的边；构建节点的原始节点特征和边的原始边特征；根据节点的原始节点特征、边的原始边特征，在边上进行多轮消息传播，得到边在经过多轮消息传播后的传播状态信息；根据传播状态信息获取边的目标特征；根据边的目标特征预测目标化合物的性质，并输出目标化合物的性质预测结果。该方案科研大大提升化合物性质预测的准确性。