本发明公开了一种对冲燃煤锅炉均衡燃烧系统与运行方法，通过在尾部烟道沿炉膛宽度方向安装与主燃烧器、燃尽风燃烧器位置一一对应的烟气分析仪，获得沿炉膛宽度方向上的排烟中一氧化碳浓度偏差情况，根据一氧化碳浓度正负偏差情况，自动调节对冲燃烧锅炉对应主燃烧器、燃尽风燃烧器的风量和旋流调节装置，最终降低对冲燃烧锅炉沿炉膛宽度方向上的一氧化碳浓度偏差，实现低氮燃烧方式下锅炉的均衡燃烧，可有效缓解锅炉偏烧带来的汽温/烟温偏差、受热面超温、炉膛结焦、低负荷稳燃能力差等问题，同时可降低锅炉固体和气体未完全燃烧损失，提高锅炉热效率。