本发明公开一种基于公平原则的风电场分阶段有功调度方法及系统，方法包括数据收集预处理、风电场调度友好性评估、有功越限安全校正、经济性公平调度、自由发电调控、调度计划输出六个步骤，数据收集处理收集过去的风电场有功出力及调度命令数据，调度友好性评估确定调度友好系数。有功越限安全校正求得系统消纳裕度与使系统安全的可行风电场出力集合。经济性公平调度以最小总弃风量与调度友好系数为优化目标，争取减少弃风弃电并实现各风电场出力的调度公平。自由发电调控计算出各风电场出力可调整裕度，以最大可能降低弃风。本发明方法依据公平原则维护各风电场出力的利益，避免了多目标优化问题无可行解出现的问题，有助于提高风电的消纳水平。