本发明公开了一种跨区域清洁能源互联网系统的工作方法，涉及清洁能源相关技术领域，跨区域清洁能源互联网系统包括智能终端，智能终端的输出端信号连接控制模块的输入端，控制模块的输出端信号连接检测装置和能源分配模块的输入端，智能终端的连接端双向连接控制子站的连接端，能源分配模块的输入端电连接能源处理模块的输出端，能源处理模块的输入端电连接能源站的输出端。本发明通过检测装置能够检测风力、太阳能、生物能、水利能和地热能等多个领域的能源情况，通过智能终端能够计算能源的使用量和产生量，进行能源分配，通过能源处理模块能够将检测风力、太阳能、生物能、水利能和地热能等多个领域的能源进行汇总。