本发明涉及交通预测技术领域，具体涉及一种拥堵区域交通运行状态预测方法及系统。其方法包括步骤：S1.获取区域交通数据信息；S2.根据区域交通数据信息生成多个拥堵子区；S3.按照预测时段对每一个拥堵子区中的各路段进行路段速度预测，以得到相应预测时段的路段预测速度；S4.根据得到的路段的预测速度进行OD预测，以得到OD预测参数；S5.以拥堵子区的路段预测速度和OD预测参数对区域交通运行状态进行仿真，以对区域交通运行状态进行预测。本发明通过构建拥堵子区保留了路段关联关系的动态特征，解决了以往交通仿真区域固定的问题，并且利用元学习模型的泛化性能，解决了数据缺失下的仿真流量参数校准问题，可以更好的对拥堵区域的交通运行状态进行预测。