本发明提供一种质子交换膜燃料电池阴阳极压力平衡控制方法，包括阴极压力控制步骤和阳极压力跟随控制步骤，通过对空压机电压和节气门开度的控制，调节阴极入口流量和出口流量，进而实现阴极压力控制，通过对流量阀开度和氢气循环泵电压的控制，调节阳极入口流量和出口流量，进而实现阳极压力控制。本发明还提供一种质子交换膜燃料电池阴阳极压力平衡控制装置。本发明阴极部分实现了基于过氧比控制下空压机的平稳启动，阳极部分实现了流量阀和氢气循环泵的解耦控制，可以快速控制质子交换膜燃料电池阴阳极压力平衡或保持设定压差，提高了质子交换膜的使用寿命。