本发明涉及一种番茄抗青枯病的分子标记。其中所述分子标记为SNP分子标记或dCAPS分子标记，所述SNP分子标记如SEQ ID NO.1所示，所述dCAPS分子标记为基于Bwr6所在QTL区间内的一个只存在于携带Bwr6品种中的特异性SNP分子标记(即SEQ ID NO.1)开发获得的dCAPS连锁分子标记。该dCAPS分子标记具有较好的准确性和特异性，能有效鉴定抗青枯病番茄品种，并在88份商品种进行测试未发现假阳性结果的出现；与最新发表的Bwr6连锁分子标记RsR6‑5相比，本发明开发出的分子标记也显示出了更高的准确性。