本发明涉及一种复用光纤通道路由一致性识别方法及差动保护装置，判断是否满足投入两个光纤通道且至少一个是复用光纤通道，如果满足判断两个光纤通道是否数据接收正常，如果正常选择基准光纤通道；基准光纤通道完成本端和对端的采样同步，获取基准光纤采样时刻偏差，非基准光纤通道作为虚拟基准通道完成本端和对端的采样同步，获取非基准光纤采样时刻偏差；根据两个光纤通道的采样时刻偏差进行比较，判别复用光纤通道收发路由的一致性。本发明不需要增加额外的通道设备，通过对差动保护通过软件升级即可实现对所用复用光纤通道运行工况的实时监视，对复用光纤通道发生收发路由不一致的情况作出实时预警，可以有效提高光纤电流差动保护的可靠性。