本发明提供了一种河道箱涵水质实时监测系统及方法，包括：水下机器人和氨氮传感器；所述氨氮传感器安装在所述水下机器人上，所述氨氮传感器的信号线与所述水下机器人的控制系统电连接，所述水下机器人通过线缆与水面控制台电连接，所述水面控制台对所述氨氮传感器和所述水下机器人检测到的数据进行处理和显示。本发明通过ROV搭载氨氮传感器的方法，解决了人为取样无法到达导致无法得到水质氨氮含量数据的问题，取得了全方位监测的效果。通过氨氮传感器与ROV集成，回传数据同时显示至水面控制台的方法，解决了氨氮传感器数据与ROV数据无法同屏显示的问题。