本发明涉及一种基于层次分析法的氢能发电系统评估方法。包括如下过程：构建评估指标体系，包括：低成本、环境友好、高能量转化率、低工作温度、快速启动性；对指标进行两两比较，构造权重判断矩阵；计算最大特征值及最大特征值对应特征向量并进行一致性检验；将特征向量作为权重向量；将方案层各个方案对指标层的每个指标形成两两对比，得到权重判断矩阵；计算权重判断矩阵的最大特征值及最大特征值对应特征向量并进行一致性检验；特征向量组合为权向量矩阵；两个特征向量相乘运算，得到一个一维向量，即可得出哪一个氢能发电方案最适合用户选择的这个应用场景。本发明整体结构分层少，结构简单，有效提高了对氢能发电系统评估的可操作性。