本发明公开了一种提高营养代餐食品中微量营养素混合均匀度的加工方法，包括以下步骤：（1）原料的匀浆混合：选取糙米膨化粉、DE20麦芽糊精、乳清蛋白、菊粉、白砂糖、低聚果糖、复合维生素和矿物质，混合，加入去离子水，匀浆，在匀浆的过程中加入大豆油和花生油，制得原液；（2）原液的均质：将原液冷却至室温，加入胶体磨，研磨后倒入均质机均质；（3）真空低温喷雾干燥：将匀浆均质后的原液喷雾干燥，得微量营养素混合均匀的谷物营养代餐食品。该方法通过匀浆均质方法使谷物粉、维生素、蛋白质、油脂以及矿物质等营养元素形成稳定且均匀的乳液体系，然后再进行喷雾干燥制备谷物代餐食品，形成的谷物代餐食品中微量营养素混合均匀度高。