本发明公开了一种能够考虑透浪和越浪的大尺度港池波要素高效模拟方法，包括：将工程局部范围水域划分为多个子区域，并确定模型比尺；在各个子区域内分别布置测量仪器构建物理模型，并通过物理模型得到物理模型子区域结果总波能H2S；通过建立的工程局部范围水域的数学模型得到绕射波能H2R；通过以物理模型子域中无效模拟范围以及未包含的局部工程水域作为模拟范围构建的子域数学模型得到除物理模型有效区域以外工程区域内的绕射波能H2R1；由H2S、H2R以及H2R1计算得到物理模型有效区域范围以外工程水域的总波能。其通过将物理模型，数学模型和理论分析合理结合，实现了对大尺度港池全水域波要素的高效模拟，能够适应快节奏工程应用需要。