本发明公开了一种多能源系统数字孪生应用故障恢复方法及系统，包括：定时向每个多能源系统数字孪生应用发送检测请求；基于检测所述应用的运行时间和当前执行进度判断所述应用是否发生故障；根据所述应用独立运行于一台虚拟机及高性能并行加速计算策略的特点建立双重故障恢复机制；若所述应用发生故障，利用所述双重故障恢复机制处理故障检测模块返回的故障应用进程以及当前所执行的模块，实现所述故障应用的自动的快速恢复。本发明实现了多能源系统数字孪生应用在故障发生后能自动的快速恢复，提高了数字孪生体的可靠性，填补了现阶段面向多能源系统数字孪生应用故障恢复方法和系统的空白。