一种基于高通量测序检测同源序列的方法和装置，所述方法包括：获取样本的一对同源序列的特异性扩增产物的高通量测序结果，特异性扩增产物包含至少一个用于区分同源序列的序列特异性位点；将高通量测序结果与参考序列进行比对，并根据序列特异性位点将高通量测序结果区分为两组，每组归属于一个同源序列；将每组归属于一个同源序列的高通量测序结果分别与去除了另一个同源序列的参考序列进行比对；和统计比对到去除了另一个同源序列的参考序列的reads数目，根据reads数确定样本的同源序列信息。本发明能够解决同源序列来源的精确定位问题，实现准确检测突变的目的。