本发明提供了一种抗金黄色葡萄球菌及其耐药株中药组合物及其制备方法和应用，该中药组合物包括以下体积份的组分：厚朴提取物10‑40份、五倍子提取物10‑40份、黄芩提取物10‑40份和安息香提取物10‑40份。该中药组合物以厚朴、五倍子作为主要抗菌成分，并配伍黄芩、安息香基于消炎、镇痛、抑菌、解毒等效果的中药作为辅助药材，对金黄色葡萄球菌及其耐药株协同发挥出最好的抑菌效果，并且组方所用药材不含有毒药材，具有安全性高、毒副作用小的特点。