本发明公开了一种大型复杂系统限幅阈值可变柔性控制方法。该方法包括根据所述控制目标与大型复杂系统输出计算所述大型复杂系统的第一偏差；确定所述大型复杂系统的各正向控制系统参数，并根据所述第一偏差得到所述大型复杂系统的正向控制系统输出；计算所述正向控制系统输出与非线性限幅的第二偏差；根据所述反向控制系统参数和第二偏差确定所述大型复杂系统的反向控制系统输出以及所述反向控制系统输出对应的第三偏差；基于所述第三偏差调整所述正向控制系统输出。本发明实现了通过反向控制方法将负反馈叠加到正向大型复杂系统控制系统输出，减少大型复杂系统设备故障，延长大型复杂系统使用寿命。