本发明公开了一种制备全氟烷基乙烯基醚的反应系统及其方法，在干燥环境下将全氟烷基乙烯基醚中间体盐溶液打入进料罐中；通过加热部件将脱羧反应管温度预热至100～170℃后，稳定一段时间，通过进料泵将中间体盐溶液由进料罐打入脱羧反应管中开始反应，生成的产物由脱羧反应管中部的出气口排出，经由冷凝器冷凝收集，获得全氟烷基乙烯基醚粗品；脱羧过程中的底液流入到溶剂收集罐中，经由溶剂清洗泵由脱羧反应管进料口打入进行清洗后，经管道进入离心机进行离心分离，分离后的澄清溶剂通过管道进入溶剂回收罐。本发明可以增加溶剂的利用效率，减小反应系统的积盐化。