本发明提供一种精细混棉机称重自动补偿方法及系统，本方法包括以下步骤。先获取称重斗的首次预设重量值及给棉结束后的实际称重值，并获取预设重量值及实际称重值的误差及误差变化率，再根据误差及误差变化率，采用模糊自适应算法的控制规则，获得比例补偿系数及积分补偿系数。最后根据预设重量值、实际称重值、比例补偿系数及积分补偿系数，计算称重斗的第二次进料重量值。再以第二次进料重量值代替首次预设重量值，重复计算下一次进料重量值。本发明提供的方法及系统能够保证精细混棉机称重的准确性。