本发明公开了一种电机转子滚花轴与转子铁芯的自动装配方法，包括：使转子滚花轴随着转盘机构一起周向运动；工控机计算并判断转子滚花轴内孔的一端与第一轴承挡外圆的同轴度，以及转子滚花轴内孔的一端与滚花外圆的一端的同轴度是否合格；工控机计算并判断所述转子滚花轴内孔的另一端与第二轴承挡外圆的同轴度，以及转子滚花轴内孔的另一端与挡肩的同轴度是否合格；工控机计算并判断转子铁芯的内孔与外圆的同轴度是否合格；将工控机判定为合格的转子滚花轴以及合格的转子铁芯转移到压装机上进行压装，使转子滚花轴与转子铁芯紧固为一体。本发明的自动装配方法具有合格率高的优点。