本发明提供能够在保护蓄电池的同时向车辆外部的设备供电的燃料电池系统、燃料电池系统的控制方法及存储介质。燃料电池系统具备燃料电池、用于积蓄燃料电池的电力的蓄电装置、以及进行燃料电池的发电控制的控制装置，控制装置进行如下处理：取得蓄电装置的充电率；在蓄电装置的电力向外部的设备供给的情况下，执行通过燃料电池使蓄电装置的充电率上升的第一控制、以及与第一控制相比限制燃料电池的发电量而使蓄电装置的充电率下降的第二控制；以及在由温度传感器检测到的温度小于规定温度的情况下，与检测到的温度为规定温度以上的情况相比，减小第一控制中的每单位时间的发电量。