本发明涉及医药技术领域，具体涉及一种水飞蓟宾组合物及其制备方法。水飞蓟宾组合物其主要为以下组分的组合：水飞蓟宾、有机碱和聚乙二醇；所述水飞蓟宾和所述有机碱之间以独立形式存在。制备方法包括但不限于如下步骤：将聚乙二醇和稳定剂在50～100℃下加热溶解后加入水飞蓟宾继续加热使溶解；在‑20～30℃下冷却，粉碎得到水飞蓟宾固形物；将水飞蓟宾固形物和有机碱固形物，制备成胶囊剂、双层片、三层片等。本发明可以使水飞蓟宾和有机碱之间相互独立形式放置，不以碱性盐的形式存在，提高了稳定性，可以实现长期保存。