本发明公开了一种基于3D颅骨模型的电极帽设计方法、制造方法及其系统，该设计方法通过对用户头部的CT图像或MRI图像依次进行二值化和区域增长处理，得到用户的3D颅骨模型，再对3D颅骨模型进行表面修洁处理，然后对表面修洁处理后的3D颅骨模型进行电极帽三维建模，并按照电极摆放规则，确定每个电极在电极帽三维模型上的位置坐标；最后，将电极帽三维模型导出为3D打印格式文件，以3D打印出相应的电极帽。因此，本发明实现针对不同用户的头部特征的个性化电极帽的设计，使设计出的电极帽能够更好地贴合用户头部，更精准的EEG信号测量。