本发明公开了一种水稻秸秆还田腐熟菌剂及其制备方法与应用。所述复合菌系HT20按重量份数由白蚁菌20%～50%，长柄木霉20%～50%,芬莱氏链霉菌20%～50%,葡萄球菌20%～50%，枯草芽孢杆菌10%～30%和胶胨样芽孢杆菌10%～30%复合而成，有效活菌数2×108个/g。所述发明复合菌系HT20应用于水稻秸秆还田后对水稻分蘖生长速度、最高分蘖数、有效分蘖数及成穗率均显著提高与施用市面购买的腐熟剂处理比较，水稻分蘖生长速度、最高分蘖数、有效分蘖数及成穗率分别提高了10.02%、7.02%、11.83%和3.98%。