本发明属于菌剂抗热保护剂技术领域，更具体地涉及一种红曲糟抗热肽剂、制备方法及应用。取新鲜红曲糟烘干，然后进行超微粉碎，得到红曲糟粉；将所述红曲糟粉配制成的红曲糟悬浊液，用纤维素酶降解，然后在高温反应釜中反应之后用微射流进行均质，得到微细化红曲糟；用淀粉酶降解之后进行沉淀，取沉淀物用蛋白酶复合物进行酶解，得到红曲糟抗热肽剂初品，将所述红曲糟抗热肽剂初品灭酶，离心后收集上清液，旋蒸蒸发浓缩，将浓缩液冷冻干燥，得到红曲糟抗热肽剂。将所述红曲糟抗热肽剂用于提高酵母菌剂的菌体存活率，效果非常显著。