本发明涉及一种黏滞流体阻尼器，包括缸体、活塞杆、活塞以及填充于缸体内的阻尼介质；所述缸体内孔包括第一孔径段、第二孔径段以及第三孔径段；所述活塞在第二孔径段内形成一阶过油间隙，所述活塞在第以孔径段和第二孔径段内形成二阶过油间隙，所述一阶过油间隙大于二阶过油间隙。一种具有大位移保护功能的隔震系统，包括梁，所述梁的下方设置两个上支墩和吊柱；以及两个下支墩；两个上支墩和两个下支墩之间分别设置隔震支座；所述吊柱与任意一个下支墩之间设置上述的阻尼器。能够在隔震层位移超过设计位移时，提供较大的阻尼力，限制隔震层的过大位移，从而限制隔震层发生较大的破坏性位移。