本发明公开了一种电力电子多馈入电力系统关键线路识别方法及系统，所述方法包括：获得电力电子多馈入电力系统的扩展导纳矩阵；其中，获得扩展导纳矩阵基于的信息包括：电力电子多馈入电力系统的馈入容量和网架结构；根据扩展导纳矩阵的特征值，将电力电子多馈入电力系统等效为具有相同小干扰稳定性的多个电力电子单馈入电力系统；其中，扩展导纳矩阵的最小特征值为电力电子多馈入电力系统的广义短路比；结合特征值和特征向量性质获得广义短路比关于各网络线路导纳的灵敏度；依据获得的灵敏度的排序，对电力电子多馈入电力系统关键线路进行识别。本发明在实际工程应用中可以有效减少小干扰稳定性问题的发生。