本发明涉及一种船只智控系统及船体控制方法，船只智控系统包括前置推进器、后置推进器，其特征在于：还包括航向传感模块，其中前置推进器包括第一CAN总线收发单元、第一控制单元、第一GPS模块、第一九轴传感器、前置转向电机、前置转向电机驱动电路、前置推进电机、前置推进电机驱动电路；航向传感模块包括第三CAN总线收发单元、第四控制单元、第二GPS模块和第二九轴传感器；后置推进器包括第四CAN总线收发单元、第五控制单元、后置转向电机、后置转向电机驱动电路、后置推进电机和后置推进电机驱动电路，各CAN总线收发单元之间通过CAN总线连。与现有技术相比，本发明将前置推进器和后置推进器通过CAN总线相连接，辅以航向传感模块，实现船只的智控功能。