本发明公开了一种柠檬酸转运蛋白及其在脂质合成中的应用，属于基因工程以和微生物工程技术领域。本发明的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示的柠檬酸‑酮戊二酸转运蛋白具有促进微生物产脂肪酸的功能，将含有本发明柠檬酸‑酮戊二酸转运蛋白的重组高山被孢霉摇床培养7d，可使含有本发明柠檬酸‑酮戊二酸转运蛋白的高山被孢霉的脂肪酸含量达细胞干重的36.1％，较不含本发明柠檬酸‑酮戊二酸转运蛋白的高山被孢霉的脂肪酸含量提升30.4％。本发明通过基因工程手段，在基因层面上提升高山被孢霉等产油微生物的脂质合成累积能力，同时又能保证产油微生物的正常生长，进而为更高效的微生物油脂工业化生产提供技术支持。