本发明涉及卫星轨道误差计算相关技术领域，具体涉及一种顾及轨道误差和电离层延迟的双向定时算法及计算装置，其中，顾及轨道误差和电离层延迟的双向定时算法，包括：基于北斗现有的米级精度广播星历或更高精度的精密星历计算单程几何延迟来减小GEO卫星运动误差；利用出站信号和入站信号之间的频率比例关系，重新构建电离层延迟计算模型，将电离层延迟作为待估参数，利用双向测距直接计算电离层延迟；基于所述电离层延迟和所述单程几何延迟计算用户时钟差。