本发明公开了一种用于诊断程序运行时间异常的方法及装置、系统，其中，所述方法包括：利用MCU获取预设类型数据，将获取到的所述预设类型数据与对应类型的预设阈值进行比较，所述预设类型数据包括目标代码的运行时长和/或FPGA的计数值；其中，所述FPGA与所述MCU通过外接引脚连接，所述FPGA通过计数器为MCU提供计时；所述MCU控制所述FPGA计时的开始和暂停；若比较差值大于预设差值，则输出表征异常的诊断结果。利用本发明，可提高诊断时间问题的效率，缩短了诊断时间问题方法流程，为偶发性时间问题引起的复位等现象提供了方便、可靠的诊断手段。