本发明公开了基于肺部疾病的公共卫生安全预警系统，涉及公共卫生信息化领域，系统包括CT扫描成像装置、辅助诊断装置、预警决策装置、录入模块、通信模块、会诊中心管理模块；包括步骤1：放射科医生通过CT扫描成像装置对患者的肺部完成CT扫描成像；步骤2：辅助诊断装置输出辅助诊断结果；步骤3：判断患者的病灶是否疑似为危害公共卫生安全的疾病，若是则执行步骤4；步骤4：预警决策模块向放射科医生预警；步骤5：放射科医生通过录入模块将患者的信息录入预警决策模块；步骤6：预警决策模块通过通信模块将患者的信息发送给会诊中心管理模块；步骤7：会诊中心管理模块把患者的信息发送给专家；步骤8：专家将信息进行分析后上报给疾控部门。