本发明公开了一种具有贯穿孔结构的介微孔复合Y分子筛及其制备方法，该制备方法包括：将含硼量较高的B‑Beta分子筛进行预处理制备含硼前驱体，再向含硼前驱体中添加硅源、铝源、碱源、晶化导向剂和水，使凝胶配比在(0.5～20)Na2O：1Al2O3：(3～40)SiO2：(0.005～2.0)Β2O3：(80～800)H2O，于5～70℃，搅拌0.5～4h后，将凝胶升温至80～120℃，晶化12～100h，得到含硼量较高的杂原子B‑Y分子筛，然后对所合成的杂原子B‑Y分子筛进行两次铵交换和水热超稳化处理得到具有贯穿孔结构的介微孔复合Y分子筛。本发明方法制备的介微孔复合Y分子筛具有丰富的介孔结构，且孔道之间的连通性佳，分子筛孔道内的扩散阻力低，活性中心的可接近性和利用率高。