本发明涉及一种多级闪蒸海水淡化系统结垢清洗装置及方法，通过人机交互模块给定多级闪蒸海水淡化系统的结构参数、必要系数和数据采集周期；利用数据采集模块采集、通过A/D和D/A转换模块将上述参数发送给中央处理模块；中央处理模块根据内部存储的问题模型，调用模拟计算模块，将上述计算后参数发送到参数决策模块。参数决策模块估算得出当前系统的结垢程度以及系统下次清洗时间，并且模拟计算模块和参数决策模块将其计算数据发送至中央处理模块，中央处理模块将数据进行整理发送至显示模块。进行实时数据采集，并由模型进行计算，得出系统结垢系数从而判断系统的结垢情况，指导工厂能够及时进行相应的结垢处理，保持系统的优良性能。