本发明公开一种微生物菌落原位检测装置，其包括：培养箱，呈六面镂空状；上层检测组件，其包括阵列安装到培养箱顶端的若干个第一摄像头；中间检测组件包括沿竖直方向设置在培养箱内的若干个；每个中间检测组件包括水平滑动连接到培养箱内的第一板、固定安装到培养箱内的第三板及位于第一板和第三板之间用于发光的第二板；第三板下方阵列安装有若干个镜头朝下的第二摄像头；下层检测组件包括水平滑动连接到培养箱底端的第四板、固定安装到培养箱内的第六板及位于第四板和第六板之间的第五板；第一板和第四板为设有若干个阵列分布第一通孔的透明板。本发明用于解决高通量检测的准确度不高问题，提高同时检测培养皿的通量、计数准确度和效率。