本发明公开了一种基于水电站流域关键点的来水量预警方法及系统。方法包括：获取区间流域预警时段内的实际雨量、气象干旱指数和前10日累计有效雨量；将所述气象干旱指数和前10日累计有效雨量输入预先建立的产流系数计算模型，得到预警时段的产流系数；根据预警时段的产流系数和实际雨量，结合预先构建的区间来水量预警指标体系，判定预警等级。本发明根据预测来水量实现一天以内预见期的短时段预警需求，建立的数学模型简单，物理含义清晰，具有很高的实用性；考虑了复杂地形或山区降雨的特点，对实测的降雨量进行了关键点筛选，不仅使监测数据精准有效，还减少了运算量，提升了模型的实用性和拟合效果。