本发明公开了一种适用于预制墩台的水下止水结构及其施工方法，其设置在钢管桩和预制墩台之间，所述预制墩台设置在钢管桩外侧，其特征在于，所述水下止水结构包括，第一止水结构，其为筒状，且贴合套设在所述钢管桩的外侧；第二止水结构，其为环板状，且套设在所述第一止水结构的外侧且位于所述预制承台的底部，所述第二止水结构的环板状上壁与所述预制承台的底部贴合；多个第三止水结构，其填充于所述第一止水结构与所述钢板桩之间、以及所述第二止水结构与所述预制承台的底部之间。本发明的技术方案具有快速、有效止水，且止水系统简单、施工方法方便快捷的技术效果。可广泛应用于预制墩台的止水结构技术领域。