本申请涉及一种估计基因组育种值的方法、装置及系统，估计基因组育种值的方法包括：获取高密度的全基因组分子标记；对全基因组分子标记进行修剪，得到第一基因组分子标记；利用第一基因组分子标记构建亲缘关系矩阵；利用亲缘关系矩阵对全基因组分子标记进行全基因组关联分析，筛选出性状相关标记；针对中遗传力和低遗传力性状，将第一基因组分子标记和性状相关标记进行合并，并基于第一混合模型方程组得到育种值；针对高遗传力的性状，将第一基因组分子标记与性状相关标记作为具有不同遗传方差的两个组分，并基于第二混合模型方程组得到育种值。如此，提高了计算效率，减少了计算资源的消耗，提高了基因组选择准确性，能够加快动植物遗传改良。