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公开(公告)号：CN118879926A
公开(公告)日：2024-11-01
申请号：CN202411293748.5
申请日：2024-09-14
申请人： 北京百奥华兴基因科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11 , G16B25/00
摘要： 本发明属于中药材识别技术领域，公开了一种基于SNP的黄芪品种识别方法、电子设备及存储介质，基于SNP的黄芪品种识别方法包括：对两个黄芪品种的同等数量的样本进行全基因组测序，得到测序reads；把测序reads比对上黄芪基因组；检测出SNP位点，得到候选集合；从候选集合筛选出多个具有分类价值的SNP位点，识别出黄芪品种。本发明采用物种遗传特征对黄芪品种进行识别，能够更精确地识别出黄芪种类，为黄芪相关的中药产业健康发展提供一定的技术支撑，且对市场的监管和规范都具有重要的现实意义。
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公开(公告)号：CN118841063A
公开(公告)日：2024-10-25
申请号：CN202410909781.X
申请日：2024-07-09
申请人： 华中科技大学
摘要： 本发明属于自噬调控因子预测技术领域，公开了一种自噬调控因子预测模型的构建方法及应用，包括：提取自噬相关组学数据中每个基因的组学特征；从蛋白质相互作用数据库中提取各物种的PPI数据，构建对应的基因网络，以同源蛋白质为枢纽连接各物种的基因网络，建立异质基因网络；将异质基因网络中每个基因周围存在直接相互作用的自噬基因数量编码为该基因对应的PPI特征；基于组学特征和PPI特征训练深度神经网络得到自噬调控因子预测模型。还包括对该预测模型微调得到各自噬条件下的自噬调控因子预测模型。还提供了自噬调控因子预测方法。本发明能够提升自噬调控因子预测的准确度，并解决特定自噬条件下阳性基因数量少而无法有效训练模型的问题。
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公开(公告)号：CN118834958A
公开(公告)日：2024-10-25
申请号：CN202410908253.2
申请日：2024-07-08
申请人： 北部湾大学
IPC分类号： C12Q1/6888 , C12N15/11 , G16B40/00 , G16B25/00
摘要： 本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及方格星虫SSR引物组及其应用和构建方格星虫核心种质的方法，本发明利用自行构建的方格星虫SSR引物组对方格星虫的8个群体，333个样本进行遗传分析，并筛选出方格星虫种质的核心种质，该种质能够在分子水平有效的代表333份原种质的遗传多样性，为提高种质资源的利用效率奠定坚实基础。本发明筛选出的SSR引物组具有多态性好，特异性高的特点，利用该引物组进行聚类分析、构建核心种质都能取得良好的效果，是一种准确、高效的SSR分子标记，能为今后方格星虫开展遗传育种、基因组作图、基因定位和物种亲缘关系鉴别等研究提供新的基因位点和鉴定引物。
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公开(公告)号：CN118813796A
公开(公告)日：2024-10-22
申请号：CN202410861664.0
申请日：2024-06-28
申请人： 杭州和壹基因科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/6886 , C12Q1/6869 , C12Q1/6806 , G01N30/02 , G01N30/72 , G16B25/10 , G16B25/00 , G16B5/00 , G16H50/30
摘要： 本发明提供了一种基于粪便样本的结直肠癌筛查方法，涉及结肠直肠癌体外诊断领域，该方法获取收集的粪便样本，从粪便样本中提取微生物总DNA，对提取的DNA通过PacBio测序平台进行16S rRNA基因测序；对得到的测序数据进行OTU聚类和物种注释，分析所述粪便样本中微生物组成，并筛选出与结直肠癌关联的微生物标志物；使用综合生物分子检测技术在粪便样本中定量检测DNA甲基化、蛋白质表达以及代谢产物，分析得到分子生物标志物检测结果；根据微生物标志物和分子生物标志物检测结果建立结直肠癌风险评估模型对结直肠癌风险的预测；根据生成患者的结直肠癌风险评分产生结直肠癌风险评估报告及诊断报告。本发明实现了对结直肠癌的高效、准确筛查。
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公开(公告)号：CN118792412A
公开(公告)日：2024-10-18
申请号：CN202411150083.2
申请日：2024-08-21
申请人： 浙江省肿瘤医院
IPC分类号： C12Q1/6886 , G16B25/00 , G16H50/30
摘要： 本发明主要关于用于预测三阴性乳腺癌预后效果的标记基因及其应用，所述标记基因包括CTSD基因、CTSL基因、ELK4基因、HSPA8基因或XRCC4基因的至少一种，所述应用包括：预测TNBC预后效果、构建用于预测TNBC预后效果的风险评分模型、制备用于预测TNBC预后效果的试剂盒中的至少一种。通过整合单细胞和转录组数据，建立一种新型巨噬细胞相关标记基因，能够用于预测TNBC预后效果，可以更精准的预测TNBC患者的病理缓解或进展情况，可依据预测结果更变后续治疗方案，可以显著改善TNBC人群的生存结果。
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公开(公告)号：CN118761412A
公开(公告)日：2024-10-11
申请号：CN202410768730.X
申请日：2024-06-14
申请人： 安徽农业大学
IPC分类号： G06F40/284 , G16B25/00 , G06F18/214 , G06N3/0464 , G06N3/045
摘要： 本发明公开了一种基于生物分词的抗病毒肽预测方法，属于抗病毒肽药物预测技术领域，包括以下步骤：S1：构建数据集；S2：生物分词处理；S3：生物分词特征表示；S4：构建生物分词预测模型；S5：模型训练；S6：利用模型进行预测。本发明使用生物分词将肽序列表示为自然语言处理中的句子，然后使用Word2Vec来获取这些生物分词的嵌入表示，基于生物分词的嵌入表示，构建了生物分词预测模型，实现了对抗病毒肽更高的预测精度，并通过将本发明生物分词预测模型与其他最先进的模型进行比较，证明了所提出的生物分词方法的有效性。
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公开(公告)号：CN118737289A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410943531.8
申请日：2024-07-15
申请人： 西北工业大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B25/00 , G06N3/0475 , G06N7/01 , G06N3/08 , G06N3/0464
摘要： 本申请属于基因表达数据生成技术领域。本申请提供一种基于扩散模型的单细胞基因表达数据生成方法。本公开实施例基于扩散理论，利用深度生成网络对数据集进行深度挖掘，以学习数据中包含的丰富的生物信息，有效减少模拟过程中的信息损失，最大程度生成符合原始数据分布的单细胞基因表达模拟数据。通过神经网络自主学习细胞或基因之间的复杂的相关性，增加基因表达的多样性和随机性。且不需要提前假设基因分布的统计学模型，而是通过扩散理论去拟合符合真实基因表达分布的模型，使其在面对具有复杂分布的数据集时依然具有良好的性能。
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公开(公告)号：CN118737275A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410773192.3
申请日：2024-06-17
申请人： 浙江大学长三角智慧绿洲创新中心
摘要： 本发明提供了一种Bulk转录组数据增强空间基因表达分辨率的方法，涉及生物信息技术领域，该方法分三步实施：首先，整合与优化数据输入，涉及Bulk与空间转录组数据的预处理、共同高度表达基因的选择以及通过MuSiC软件进行的解卷积操作，产出基因在空间聚类上的丰度矩阵。其次，通过构建“伪Bulk”基因表达矩阵并与实际Bulk数据对比，调整空间转录组的表达估算，此过程利用变量因子矩阵实现精确调整。相比现有技术，本发明显著增强了空间基因表达的解析能力，为生物医学研究提供了强大的工具，促进了对复杂组织结构中基因表达模式的深入理解。
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