本发明公开了一种混合动力用机电一体化电驱变速箱系统，包括：输入轴；其可旋转支撑设置在所述变速箱箱体上；输出轴，其一端同轴连接所述输入轴，另一端连接驱动桥；动力电机，其同轴固定设置在所述变速箱内，所述动力电机的动力输出固定连接所述输入轴；气动分离机构，其固定设置在所述动力电机的一端，并空套在所述输入轴上，所述气动分离机构的一端抵靠在离合器摩擦片一侧；气动加载机构，其与所述气动分离机构相连通，用于对所述气动分离机构充放气，使所述气动分离机构能够沿着所述输入轴往复运动。本发明还提供一种混合动力用机电一体化电驱变速箱系统的控制方法。