一种栀子黄色素的提取方法，步骤如下：将黄栀子果实去掉果皮后晒干研磨成粉，过筛，然后用水第一次提取；将浸提液固液分离，得第一提取液，然后向剩余固体混合物中加水超声下二次提取，对第二次浸提液固液分离，得第二提取液；将两提取液合并，加入果胶酶和硅藻土充分搅拌后静置，经过滤膜过滤后在微滤，取微滤液；用石油醚纯化微滤液，得纯化后提取液；将纯化后提取液经过反渗透膜减重浓缩，然后将浓缩后色素溶液通过膜分离将栀子苷分离，得分离液，真空冷冻干燥即可。本发明所述提取方法能够从黄栀子果实中高效的提取高价的栀子黄色素，并且提取的栀子黄色素不易产生绿变和灰变，存储时间长。