本发明公开了一种HPLC通信模块的软件比对备案方法及系统，涉及HPLC通信设备软件比对备案领域，解决了现有技术存在的兼容性差、效率及安全性低的技术缺陷。本方法通过比对备案模块对待比对对象进行软件比对与备案，比对对象为HPLC通信模块和/或HPLC通信模块采集数据的集中器；比对备案模块对所述待比对对象进行软件比对备案的步骤包括：对厂商提供的备案源文件进行预处理；从待比对对象中选择比对对象，并向其发起比对请求；接收从选择的比对对象发送的待比对文件，将其与加密文件进行比对；对比对结果进行加密存储与可视化显示。本发明具备良好的兼容性、较高的效率以及较高的安全性。