本发明涉及大气污染控制技术领域的一种耐水耐硫的低温SCR脱硝催化剂及其制备方法和应用。所述低温SCR脱硝催化剂，可包含载体、活性组分；以所述催化剂的总重量为百分比计，所述载体的重量含量为40％～95％；活性组分的重量含量为5％～60％；所述载体为采用金属氧化物掺杂的掺杂型二氧化钛纳米管；所述金属选自Zr、Ce、Cu、Mo、Al、Sn、Ni、W、V、Cr中的一种或多种；所述活性组分为MnOx和FeOy的混合物，其中，x为1～2，y为1～1.5。所述活性组分中，所述元素Mn和元素Fe的摩尔比为(10～0.1)：1。所述催化剂具有优良的抗水、抗硫性能和稳定性，能适用于诸如以天然气为原料的高水含量烟气的低温SCR脱硝，具有广阔的工业应用前景。