本发明涉及塑料加工领域的一种阻燃抗菌剂及其制法和应用及阻燃抗菌热塑性树脂组合物。所述阻燃抗菌剂，为表面接枝胍盐的聚合物微球，所述阻燃抗菌聚合物微球包含结构单元A、结构单元B和结构单元C的交联结构；其中，所述结构单元A为马来酸酐提供；所述结构单元B为单体M提供；所述结构单元C为交联剂提供；其中单体M由碳四和/或碳五提供；所述胍盐选自小分子胍盐以及胍盐聚合物中的一种或多种，且所述胍盐至少包括一种具有阻燃性的胍盐；制备得到的阻燃抗菌热塑性树脂组合物阻燃、抗菌、防霉效果好，通过配方调控制备得到一种兼具阻燃性与抗菌性能的热塑性树脂组合物；所制备的热塑性树脂组合物的综合性能优良。