本发明涉及一种铁路供电系统网络安全防护系统，所述系统设置在铁路供电系统的二级网络和三级网络之间，包括逻辑隔离模块和物理隔离模块；逻辑隔离模块对安全区域和安全区域之间进行逻辑隔离；物理隔离模块对安全区域和非安全区域之间进行物理隔离。能实时在线防护铁路各牵引变电所二级网络与三级网络的连接，令一台设备能同时实现网络的物理隔离和逻辑隔离（传统设备要实现两个功能需上一台正向隔离装置和一台硬件防火墙），提高铁路供电系统安全防护能力。