本发明涉及植物生物技术领域，具体公开了一种抗盐转基因大豆事件AtARA6‑A001外源插入片段左、右边界侧翼序列及其应用。本发明公开的转基因大豆事件AtARA6‑A001外源插入片段左边界侧翼序列如SEQ‑2所示，右边界侧翼序列如SEQ‑3所示。本发明公开的转基因大豆事件AtARA6‑A001外源插入片段侧翼序列可以用作目标DNA序列，建立该转基因事件特异性检测方法。本发明提供的外源插入片段侧翼序列及检测方法适用于对该转基因大豆事件包括亲本、衍生品系或品种，及其制品包括植株、组织、种子及产品的特异性检测。