本公开实施例提供了一种纳米孔测序电路、测序方法及装置，其中纳米孔测序电路包括：采集单元电连接纳米孔测序通道，用于采集纳米孔测序通道中产生的第一电信号；周期采样单元输入端电连接采集单元，用于周期性采样第一电信号；复位限流单元用于在周期采样单元完成一个周期采样并复位时，限制周期采样单元内部电信号施加在纳米孔测序通道的第二电信号。根据本公开实施例的纳米孔测序电路、测序方法及装置，在周期采样单元设置复位限流单元，能够在一个采样周期完成后的复位过程中，限制周期采样单元内部电信号施加在纳米孔测序通道上的电信号，可以降低对其他纳米孔测序通道的干扰。