本发明公开了一种河道过水断面面积快速计算方法及系统，属于水利工程管理信息技术领域。本发明将现有河道特征参数以及DEM数据提前内置在控制与计算终端中，利用装载RTK的无人测船在指定河流断面中心位置获取经纬度位置信息和河流水位高程数据；比对DEM数据，提取对应经纬度的河底高程、河漫滩、左右岸边坡高程等参数，建立基于河道高程、河道水位的河道过水断面计算方法，利用该计算方法可快速得到当前河道过水断面面积并反馈给用户，提高水文测量的效率。