本发明公开了一种智能变电站母联异常处理方法及装置，其中方法包括如下步骤：在母联支路SV异常时，判断母线是否故障；如母线发生故障，则瞬时跳母联断路器；如母联断路器拒动，则延时第一预设时长封母联CT电流；控制与母联相连的母线差动保护动作。通过在母联支路SV信号异常后判断母线故障，并在母联断路器拒动后延时封母联CT电流，控制母线差动动作，解决了母联SV异常后出现断路器失灵时因主保护及近后备拒动导致远后备保护动作的问题，减少了故障对电气设备的损害，有效确保了整个电网的安全稳定运行。